体内pAM34生长试验：

为了比较伤寒沙门氏菌在约氏疟原虫感染动物和模拟感染动物体内的大致生长率，小鼠周身接种1×109CFU伤寒沙门氏菌invA spiB CmR+pAM34(GTW58)。正如之前所描述的，pAM34质粒的复制受LacI抑制区的控制，当沙门氏菌在高浓度乳糖或乳糖类似物（如IPTG）中生长时，LacI抑制区可使质粒复制并维持，但当细菌在低乳糖环境（如成年小鼠）中分裂时，质粒无法复制并迅速丢失。因此，质粒在种群水平上的丢失与细菌在低乳糖环境中的整体复制情况相关，从而可以评估复制率。

为了制备鼠伤寒沙门氏菌CmR+pAM34的接种体，将在添加了羧羧苯西林（0.1mg/ml）和1mM IPTG（用于维持质粒）的LB上生长的单菌落接种到LB肉汤（仅添加IPTG）中，并在37°C下振荡（200rpm）培养12小时。然后，将质粒稀释到不含IPTG的新鲜LB中进行亚培养（1:100），以更好地评估早期复制率。感染小鼠后，立即用PBS对接种体进行连续稀释，并将其培养在MacConkey和MacConkey+Carb+1mM IPTG上，以量化含pAM34的鼠伤寒杆菌与接种的鼠伤寒杆菌总数之比。接种后4或24小时，小鼠被安乐死，收集肠道内容物并将其接种到MacConkey上，以量化鼠伤寒杆菌的负担并确定维持pAM34的种群比例。在小鼠感染的同时，将接种物的系列稀释液在LB中再培养4到24小时，然后分别接种在MacConkey和MacConkey+Carb+IPTG上，以生成一条标准曲线，将群体水平的pAM34质粒丢失与复制次数相关联，如前所述。

体外pH值细菌存活试验:

为了评估细菌对低pH值的敏感性，用盐酸将PBS酸化到2到5之间的不同pH值，然后将其等分到不同的试管中。鼠伤寒沙门氏菌Nissle1917、O157：H7EDL933(ATCC 43895)、轮状芽孢杆菌DBS100(ATCC 51459)、福氏志贺氏菌M90T(ATCC BAA-2402)和小肠结肠炎耶尔森菌亚种。在LB肉汤中培养过夜后，按上述方法准备接种小鼠，但要用PBS代替LB洗净并重悬，使600纳米波长处的光密度（OD600）达到1.0，然后上浆以量化初始CFU。然后将接种物以1:100的比例稀释到不同的低PH值的PBS管中，在37°C下振荡培养1小时。用新鲜的PBS（pH值为7.4）对样品进行连续稀释，然后将其滴在MacConkey琼脂上，以量化剩余细菌的浓度。

胃pH评估:

小鼠安乐死后，从体腔中取出胃。立即将pH针电极PH-N和参比探针（Unisense）插入未经处理的胃前腔以评估pH值，记录Unisense PH微电极万用表上的测量值（单位：毫伏），并利用同时读取pH值为2、4和7的参比标准生成的标准曲线将其转换为pH值。在两次测量之间，用70%的乙醇和蒸馏水冲洗探针。

组胺H2R激动剂（地马普利）给药:

如前所述，给小鼠接种感染了约氏疟原虫的血液或对照血。感染后第6天上午，小鼠接受单剂量组胺H2R激动剂地马普利二盐酸盐或用载体进行模拟处理。地马普利以0.1毫升溶于无菌生理盐水的二盐酸地马普利（40毫克/毫升）的形式腹腔注射，而载体（生理盐水）以同等体积注射。一小时后，用鼠伤寒杆菌挑战小鼠4小时，然后评估胃pH值和肠道鼠伤寒杆菌负荷。

奥美拉唑给药:

按照之前的描述，给小鼠接种约氏疟原虫感染的血液或对照组血液。感染后第3、4和5天的下午，小鼠开始每天接受质子泵抑制剂奥美拉唑或载体的模拟治疗。奥美拉唑以0.1毫升悬浮液（30毫克/毫升）的形式腹腔注射于杜氏磷酸盐缓冲盐水中的1%吐温80中，而药物则以同等体积注射。6dpp时，用鼠伤寒杆菌攻击小鼠24小时，然后评估胃pH值和肠道鼠伤寒杆菌负荷。

抗肿瘤坏死因子-α抗体给药:

如前所述，给小鼠接种感染了约氏疟原虫的血液或对照血。感染后第3天和第5天，给小鼠注射超叶纯化的抗小鼠肿瘤坏死因子的TNF-α抗体或超叶纯化大鼠免疫球蛋白IgG1，同型对照抗体。两种抗体均在dPBS中稀释至2毫克/毫升，每只小鼠腹腔注射0.25毫升，剂量为每只小鼠0.5毫克（约25毫克/千克体重）。6dpp时，对小鼠实施安乐死以进行相关测量，或用鼠伤寒杆菌攻击小鼠3小时，然后实施安乐死以进行胃pH值和肠道鼠伤寒杆菌负荷测量。

RNA提取和实时PCR表达分析:

在去除内腔内容物后，在尸检时将组织速冻在液氮中，并保存在-80°C温度下。使用TRI试剂从组织中分离RNA。简言之，将整个组织悬浮于TRI试剂中，用玻璃珠振打1分钟使其均质，然后用氯仿处理并离心分离各相。取出水相并与95%的乙醇混合，然后应用硅胶膜柱，并用3M乙酸钠洗涤。用PureLinkDNase处理柱子以去除基因组DNA污染，并用70%乙醇中的10mM Hepes洗两次，然后用无RNase水洗脱RNA以进行定量分析。

胃组织病理学：

在尸体解剖时，按照Sigal等人的描述，沿着小弯将胃剖开，从林胃到幽门括约肌收集中线处约5毫米宽的大弯样本，并用石蜡包埋以生成纵向切片。从福尔马林固定的石蜡包埋组织中切取5微米厚的组织切片，由加州大学戴维斯分校兽医病理实验室进行H&E染色。使用EVOSFL成像显微镜对染色切片进行明视野（20×）和自发荧光（40×）扫描，以进行一般组织病理学评估和高嗜酸性（自发荧光）细胞定量。

为了评估胃粘膜中嗜酸性粒细胞的丰度以估算顶细胞的丰度，对林胃与胃窦交界处远端组织的腺体/粘膜部分的图像进行了人工划界，并使用ImageJ测量了腺体面积。然后，对图像进行二值化处理，填充孔洞，使用分水岭分离附近的细胞结构，并对大颗粒（半径大于25微米）进行分析。由于这一过程经常会将多个紧密相连的顶细胞归为单个颗粒，因此通过将每张图像中的颗粒面积除以整体颗粒大小的中位数，将分析的颗粒转换为近似的细胞数。

血浆肿瘤坏死因子TNF-α测量：

小鼠吸入二氧化碳死亡后，立即用肝素化针进行心脏穿刺采集血液。肝素化血液经离心（8000g，4分钟）后，去除血浆层并保存在-80°C温度下，按照生产商的说明使用测定小鼠肿瘤坏死因子。

统计分析：

除组织病理学分析外，研究人员在实验和结果评估过程中对动物的分配不设盲区。样本量根据以往研究的效应大小估算。所有分析均使用Prism8进行。培养鼠伤寒杆菌载量的检测限设定为100CFU/g，每克肠道内容物中的CFU数经过log10转换，使数据归一化，以便进行统计分析。组间对数10归一化的CFU数量、胃pH值和对数2归一化的mRNA表达数据的显著差异通过韦尔奇校正的非配对t检验确定。同一动物体内竞争性鼠伤寒杆菌菌株的CFU量的显著差异通过配对t检验确定。组间竞争指数及其他比较前未对数归一化的指标（体重变化、脾胃重量、血细胞计数、寄生虫负荷和循环TNF-α）的显著性差异通过Mann-Whitney检验确定。在所有比较中，P<0.05被认为具有统计学意义。