使用微呼吸系统，可以测量封闭式微系统中非常小的生物的呼吸。微呼吸系统基于在一个实验中仅使用一个微电极来测量多个微系统，一根电极可依次测量多个样品，软件可以方便地追踪和测量各个微呼吸瓶的数据。

使用Unisense微呼吸系统研究了从大气中的氧气饱和度（100％饱和度或21kPa）到低至零氧气的范围内，水生幼虫对氧气的消耗率。

单个鱼卵的呼吸速率

单个鱼卵的呼吸速率也可以通过微呼吸系统进行测量。通过在腔室中的玻璃环顶部放置金属网，可以将鱼卵与旋转的磁铁分开。上图显示了来自斑马鱼的单个鱼卵的呼吸。

硫化氢巨噬细胞产生率

Zhu等人（2010年）使用微呼吸系统测量了巨噬细胞的硫化氢产生速率。为了避免微呼吸瓶中的自发硫化氢氧化，Zhu等人使用氮气对腔中的培养基进行脱氧。通过向腔室中添加L-半胱氨酸和5'-磷酸吡ido醛来刺激硫化氢的产生。